Graph Neural Network - simple brain connectome example

00:00:00 Введение в графовые нейронные сети • Два класса графовых нейронных сетей основаны на матрице смежности и единичной матрице. • Матрица смежности показывает связи между узлами, а единичная матрица учитывает самосвязи. • Пример матрицы смежности размером 34x34. 00:01:02 Визуализация графов • Использование метода size для определения размера матрицы. • Пример изображения матрицы смежности с помощью хитмепа. • Создание маски для визуализации связей между узлами. 00:03:38 Построение графовой нейронной сети • Использование кросс-энтропии для классификации вершин. • Применение сверточной графовой нейронной сети с двумя слоями. • Визуализация результатов классификации с помощью метода T-SNN. 00:05:34 Применение графовой структуры в цифровой медицине • Задача кластеризации коннектома для мозга пощенной нематоды. • Загрузка датасета с информацией о нейронах и их связях. • Использование функции из библиотеки NetworkX для создания графа. 00:07:51 Визуализация коннектома • Применение методики для коннектома с использованием весов и меток. • Визуализация связей между нейронами с помощью расцвечивания. • Выделение областей с наибольшим количеством связей. 00:09:17 Применение тензор-флоу подхода • Создание матрицы смежности для тензор-флоу подхода. • Тренировка графовой нейронной сети и получение разреженных матриц. • Построение графа коннектома на основе собственных векторов. 00:11:24 Заключение • Обучение нейронной сети на больших размерностях графа. • Визуализация кластерной...